Со своите природни карактеристики (геолошкиот состав, релјефот, климата, хидрографијата, почвата, растителниот и животинскиот свет), Република Македонија е една од  најразновидните земји во Европа. Во текот на изминатите пет децении, мрежата на заштитени природни обележја и реткости постојано се прошируваше и денес опфаќа 74 природни области со вкупна површина од 187.895 хектари или 7,3% од територијата на земјата.

Статусот на заштитена област или вид во Република Македонија е доделен на три национални парка (108.338 хектари), четири строги национални резервати (12.855 хектари), три области со исклучителни природни обележја (2.338 хектари), 14 различни растителни и животински видови коишто живеат во области надвор од природните резервати (2.709 хектари) и на 33 природни области во категоријата на т.н. „споменици на природата“ (61.655 хектари).

Охридско Езеро, споменик на природата. Езерото се наоѓа во југозападниот дел на Република Македонија, на надморска височина од 695 метри. Зафаќа површина од 358,2 км2, од кои 229,9 припаѓаат на Република Македонија. Охридското Езеро се формирало во терциерниот период, пред два до три милиони години. Најголемата длабочина изнесува 289 метри, со што Охридското Езеро е најдлабокото езеро на Балканот. Во езерото живеат над 200 видови ендемични организми, а 70 проценти од растенијата и животните во Охридското Езеро се од ендемичен карактер. Некои од нив се виртуелно живи фосили кои останале непроменети од терциерниот период до денес, како што се сунѓерот, реликтни видови на полжави (над 70 видови) стари околу 30 милиони години и чии роднини денес може да се најдат само во Бајкалското Езеро во Русија, како и ендемични црви. Реликтниот животински свет во езерото е нашироко познат во светот и ги вклучува летницата (Salmo letnica Karaman) и ендемичната белвица (Salmothymus ohridanus), како и ендемичната кркушка (Gobio ohridanus), црвеноперката (Rutilus rubilio ohridanus), скобустот (Chondrostoma ohridanum) и ситниот крап (Paraphoxinus minutus). Охридското Езеро е внесено во голем број учебници по зоологија поради нерешената мистерија на тамошната јагула: таа доаѓа во езерото од Саргаското Море, оддалечено илјадници километри, и поминува околу 10 години во длабочините на езерото додека да созрее полово. Потоа, водена од необјаснет инстинкт, наесен јагулата го започнува своето патешествие кон своето родно место. Таму се размножува и умира, а нејзините потомци се враќаат во Охридското Езеро. Во 1979 година, езерото е прогласено за Светско културно наследство  под заштита на УНЕСКО како исклучително место, а во 1980 година е прогласено за охридска природна, културна и историска област.

Преспанско Езеро, споменик на природата. Преспанското Езеро се наоѓа во југозападниот дел на Република Македонија, на тромеѓето со Грција и Албанија. Езерото зафаќа површина од 274 км2, од кои 176,8 припаѓаат на Македонија. Езерото се наоѓа на надморска височина од 853 метри, а најголемата длабочина изнесува 54 метри. Од вкупно 13 видови риби во езерото, шест се ендемични. Од 1995 година, Преспанското Езеро се наоѓа на Рамсарскиот список на мочуришта од меѓународно значење.

Дојранско Езеро, споменик на природата. Дојранското Езеро е најмалото тектонско езеро во Македонија и зафаќа површина од само 43,1 км2. Западниот дел на езерото (27,3 км2) припаѓа на Република Македонија, а источниот дел на Грција. Спаѓа во класата плитки езера – најголемата длабочина изнесува десет метри – се наоѓа на надморска височина од 148 метри. Дојранското Езеро е остаток од некогашното Пеонско Море. Животинскиот свет во езерото вклучува и без’рбетници (протозои, или едноклеточни организми, сунѓери, црви, мекотели, членконоги и инсекти) и ’рбетници (риби, водоземци, влекачи, птици и цицачи). Во езерото се регистрирани дванаесет ендемични животински видови. Дојранското Езеро е познато и по традиционалниот риболов со помош на корморани кои ги тераат рибите во мамки наречени мандри, кои се направени од трска.

Пелистер, национален парк. Пелистер се наоѓа во југозападниот дел на Република Македонија и зафаќа површина од 12.500 хектари. Во 1948 година, Пелистер беше прогласен за прва заштитена природна област во Македонија. Највисокиот планински врв е Пелистер (2.601 метри). Од релјефните облици во овој национален парк највпечатливи се т.н. камени реки. Тоа се падини исполнети со камени блокови со различен состав. Со посебна природна привлечност се двете глацијални езера, Големото и Малото Езеро, познати како „Горски Очи“. Во паркот растат вкупно 88 видови дрва, или 29% од дендрофлората во Македонија. Најголема вредност меѓу нив има моликата – автохтон вид на петоигличест бор од терциерниот период. Од ’рбетниците, се среќаваат 10 видови водоземци, 15 видови влекачи, 91 вид птици и 35 видови цицачи. Од рибите, својствено е присуството на пелистерската ендемична поточна пастрмка (Salmo trutta peristericus) и пелагониската поточна пастрмка (Salmo trutta pelagonicus).

Маврово, национален парк. Овој парк е прогласен за заштитена природна област  во 1948 година и зафаќа површина од 73.088 хектари. Средишниот дел на паркот ги зафаќа долината и коритото на преубавата Радика. Во паркот се среќаваат голем број занимливи морфолошки облици: речни долини, кањони, клисури, водопади, карстни полиња, ували, вртачи, пештери, глацијални езера и разни денудациони облици. Националниот парк „Маврово“ се одликува со голема разновидност на растителен свет: над 1.000 видови виши растенија, меѓу кои 38 видови дрва, 35 видови грмушки, како и околу 60 ендемични, реликтни или ретки растителни видови. Животинскиот свет во паркот вклучува 140 видови птици, од кои најраспростанет е сивиот сокол, орелот-крстач, златниот орел, шумскиот був и ливадската еја. Се среќаваат и 11 видови водоземци, 12 видови влекачи и 38 видови цицачи, меѓу кои најсвојствени се мечката, рисот, дивокозата и дивата мачка.

Галичица, национален парк. Овој парк се наоѓа во југозападниот дел на Република Македонија, меѓу Охридското и Преспанското Езеро, и зафаќа површина од 22.750 хектари. Прогласен е за национален парк во 1958 година. Галичица се одликува богат растителен свет: овој парк е единствено живеалиште за одредени растителни видови на територијата на Македонија. Од 20-те видови виши растенија, за 12 се знае дека се локални ендемични видови кои живеат само на планината Галичица и на крајбрежјето на Охридското и Преспанското Езеро. Од животинскиот свет, паркот е дом на 25 ендемични видови. Во него живеат исклучително голем број пеперутки (1.664 видови), што е голема концентрација на релативно мал простор. Националниот парк „Галичица“ е природно живеалиште на 30 видови водоземци и влекачи, речиси колку севкупната херпетофауна на Германија, Швајцарија и Австрија, на пример. Застапени се вкупно 266 видови птици, што претставува 84% од вкупната орнитофауна во Република Македонија. Се среќаваат и 51 вид цицачи, 62% од вкупната фауна на цицачи во Македонија.

Демиркаписка Клисура, споменик на природата. Демиркаписката Клисура е најдолгата клисура на реката Вардар (19 километри). Клисурата всушност претставува голем процеп во појас од варовник и вулкански карпи кој ги разделува тиквешката и гевгелиско-валандовската котлина. Дел од автопатот Скопје-Солун поминува низ овој несекојдневен споменик на природата, еден од најбогатите орнитолошки резервати во Европа според бројот на ретки птици-грабливки: белоглавиот мршојад (Gyps fulvus), египетскиот мршојад (Neophron percnopterus), златниот орел (Aquila crysaëtos), орелот-змијар (Circaetus gallicus), лисестиот глувчар (Buteo rufinus), како и разни видови соколи, како Falco pereginus и Falco naumanni, и други видови ретки птици.
Конопиште, споменик на природата. Во близина на селото Конопиште, кавадаречко, се наоѓа фасцинантен геоморфолошки предел: природни земјени столбови (или пирамиди) на површина од околу 70 хектари, зачудувачки, ретки облици на интензивна ерозија на земјата. Местото се наоѓа на десната страна на реката Бошава.

Клисура Матка, споменик на природата. Околу 15 километри југозападно од Скопје се наоѓа величествената клисура Матка, чии морфогенетски особини откриваат дека клисурата се создала со пробивањето на водата низ карпите, а се протега на околу 5.000 хектари. Особено внимание во клисурата привлекуваат карстните облици: десет пештери долги 20 до 176 метри и две бездни чија длабочина достигнува 35 метри. Од вкупно 1.000 растенија што се среќаваат овде, околу 20% се ендемични или реликтни. Овде се откриени два претходно непознати видови пајаци и пет видови лажни скорпии. Во клисурата Матка се регистрирани 119 видови дневни и 140 видови ноќни пеперутки. Од нив, 77 видови се ендемични на Балканот, а 18 се новооткриени.

Маркови Кули, споменик на природата. Маркови Кули се наоѓа во централниот дел на Република Македонија, во непосредна близина на градот Прилеп. Се состои од бројни денудациони облици кои формираат несекојдневни природни скулптури. Според најновите истражувања, гранитите се формирале пред околу 300 милиони години во постари слоеви гнајс, чија старост се проценува на 700 милиони години. На Маркови Кули се среќаваат голем број импозантни карпи во облик на врвови и остенци, столбови и запци, печурки, плочи, топки, пештери и длабнатини.

Кокино, село на 1.030 м надморска височина, 30 км североисточно од Куманово, каде се пронајдени остатоци од мегалитска опсерваторија стара над 3.800 години. Неговото истражување започнува во 2001/02 година и е предводено од археологот Јовица Станковски, а подоцна се приклучува и астрономот Ѓоре Ценев. Откриени се неколку маркери (два главни) со чија помош се набљудувало небото, се одредувале позициите и движењето на сонцето и месечината и се мерело времето. Пронајдени се керамички предмети, калапи и други артефакти од непозната цивилизација. Според НАСА, Кокино е една од најстарите опсерватории во светот, по Абу Симбел во Египет, Стоунхенџ во Британија и Анкор Ват во Камбоџа.